Po uradni objavi imenovanja Chen Chien-jena za predsednika Academia Sinica so se pojavile kritike, ki so ga označile za 'plačilo uslug'. Profesor 叶耀元 je te kritike zavrnil, medtem ko je zdravnik 杜承哲 poudaril, da Chen Chien-jen s svojim znanjem ne potrebuje nikogaršnje naklonjenosti. Kritike se nanašajo tudi na njegovo starost, 75 let, in trdijo, da imenovanje ne zagotavlja generacijske pomladitve.